La Giunta dell'Unione è l'organo esecutivo e di governo dell'ente. Le sue funzioni sono definite nello Statuto e riguardano l'attuazione degli indirizzi stabiliti dal Consiglio.
Le funzioni del Consiglio dell'Unione della Valconca sono definite nello Statuto e riguardano la determinazione dell’indirizzo politico-amministrativo dell’ente e il controllo della sua attuazione.